Принцип системности утверждался в категориальной апперцепции Ухтомского в новой принципиально важной интерпретации, отразившей общие сдвиги в научном мышлении начала XX века, сопряженные, в частности, с теорией относительности

Идея истории организма как системы не была новым словом. Новым являлся интегральный подход к пониманию отношений между пространственными и временными параметрами целостного объекта. Нераздельность пространства и времени Ухтомский обозначил введенным им в широкий научный оборот понятием о хронотопе. "И в окружающей нас среде, и внутри нашего организма конкретные факты и зависимости даны нам как порядок и связи в пространстве и времени между событиями".

Он делал основной упор на центральной фазе целостного рефлекторного акта, а не на сигнальной, как первоначально И.П.Павлов, и не на двигательной, как В.М.Бехтерев. Но все три восприемника сеченовской линии прочно стояли на почве рефлекторной теории, решая каждый под своим углом зрения поставленную И.М.Сеченовым задачу детерминистского объяснения поведения целостного организма. Если целостного, а не половинчатого, то непременно охватывая системой своих понятий феномены, относящиеся столько же к психологии. Таковым являлось, в частности, представление о сигнале, перешедшее к И.П.Павлову от И.М.Сеченова. Таковым же являлось и учение А.А.Ухтомского о доминанте. Считать доминанту полностью физиологическим принципом – значит утратить существенную часть эвристического потенциала этого понятия.

Под доминантой Ухтомский понимал системное образование, которое он называл органом, понимая, однако, под этим не морфологическое, "отлитое" и постоянное образование, с неизменными признаками, а всякое сочетание сил, могущее привести при прочих равных условиях к одним результатам. Поэтому согласно Ухтомскому каждая наблюдаемая реакция организма определяется характером взаимодействия корковых и подкорковых центров, актуальными потребностями организма и историей организма как целостной системы. Тем самым утверждался системный подход к взаимодействию, который противопоставлялся воззрению на мозг как на комплекс рефлекторных дуг. При этом мозг рассматривался как орган "предупредительного восприятия, предвкушения и проектирования среды".

Представление о доминанте как общем принципе работы нервных центров так же, как и сам этот термин, было введено Ухтомским в 1923 году. Под доминантой он понимал господствующий очаг возбуждения, который, с одной стороны, накапливает импульсы, идущие в нервную систему, а с другой одновременно подавляет активность других центров, которые как бы отдают свою энергию господствующему центру, т.е. доминанте. Особое значение Ухтомский придавал истории системы, считая, что ритм ее работы воспроизводит ритм внешнего воздействия. Благодаря этому нервные ресурсы ткани в оптимальных условиях не истощаются, а возрастают. Активно работающий организм, согласно Ухтомскому, как бы "тащит" энергию из среды, по этому активность организма (а на уровне человека – его труд) усиливает энергетический потенциал доминанты. При этом доминанта, по Ухтомскому, – это не единый центр возбуждения, а "комплекс определенных симптомов во всем организме – и в мышцах, и в секреторной работе, и в сосудистой деятельности".

В психологическом плане доминанта является нечем иным, как мотивационным потенциалом поведения. Активное, устремленное к реальности, а не отрешенное от нее (созерцательное) поведение, так же, как активное (а не реактивное) отношение к среде, выступают как два необходимых аспекта жизнедеятельности организма.

Свои теоретические воззрения Ухтомский испытывал как в физиологической лаборатории, так и на производстве, изучая психофизиологию рабочих процессов. При этом он считал, что у высокоразвитых организмов за видимой "обездвиженностью" таится напряженная психическая работа. Следовательно, нервно-психическая активность достигает высокого уровня не только при мышечных формах поведения, но и тогда, когда организм по видимости относится к среде созерцательно. Эту концепцию Ухтомский назвал "оперативным покоем", иллюстрируя его известным, примером: сравнением поведения щуки, застывшей в своем бдительном покое, с поведением "рыбьей мелочи", неспособной к этому. Таким образом, в состоянии покоя организм удерживает неподвижность с целью детального распознавания среды и адекватной реакции на нее.

Для доминанты также характерна инертность, т.е. склонность поддерживаться и повторяться, когда внешняя среда изменилась и раздражители, некогда вызывавшие эту доминанту, более не действуют. Инертность нарушает нормальную регуляцию поведения, она становится источником навязчивых образов, но она же выступает в качестве организующего начала интеллектуальной активности. Следы прежней жизнедеятельности могут существовать одновременно в виде множества потенциальных доминант. При недостаточной согласованности между собой они могут привести к конфликту реакций. В этом случае доминанта играет роль организатора и подкрепителя патологического процесса.

Механизмом доминанты Ухтомский объяснял широкий спектр психических актов: внимание (его направленность на определенные объекты, сосредоточенность на них и избирательность), предметный характер мышления (вычленение из множества раздражителей среды отдельных комплексов, каждый из которых воспринимается организмом как определенный реальный объект в его отличиях от других). Это "разделение среды на предметы" Ухтомский трактовал как процесс, состоящий из трех стадий: укрепление наличной доминанты, выделение только тех раздражителей, которые являются для организма биологически интересными, установление адекватной связи между доминантой (как внутренним состоянием) и комплексом внешних раздражителей. При этом наиболее отчетливо и прочно закрепляется в нервных центрах то, что переживается эмоционально.

Ухтомский считал, что истинно человеческая мотивация имеет социальную природу и наиболее ярко выражается в доминанте "на лицо другого". Он писал, что "только в меру того, насколько каждый из нас преодолевает самого себя и свой индивидуализм, самоупор на себя, ему открывается лицо другого". И именно с этого момента сам человек впервые заслуживает того, чтобы о нем говорили как о лице. Это, согласно Ухтомскому, одна из самых труднодостижимых доминант, которую человек призван воспитывать в себе.

Идеи, развитые Ухтомским, связывают в единый узел психологию мотивации, познания, общения и личности. Его концепция, явившаяся обобщением большого экспериментального материала, широко используется в современной психологии, медицине и педагогике.